Het was drie jaar wachten na de release van Mario & Luigi: Partners in Time, maar toen verscheen eindelijk het derde deel van de Mario & Luigi-serie. Mario & Luigi: Bowser’s Inside Story is de eerste game in de gehele Mario-serie waarin Bowser de held speelt, of ja… held? Bowser krijgt in het begin van het verhaal een vreemde paddestoel van een vreemd mannetje in het bos. Door deze paddestoel krijgt hij enorme zuigkracht, vergelijkbaar met Kirby.
Het vreemde mannetje in het bos bleek Fawful, het hulpje van Cackletta, te zijn. Fawful bestuurt Bowser en zuigt Mario, Luigi, Princess Peach en een hele horde Toads op. Fawful is van plan het hele Mushroom Kingdom over te nemen, en bezet daarom zowel Princess Peach’s als Bowser’s kasteel. Om zijn plan helemaal af te maken moest hij een oeroude kwade kracht opnieuw laten ontwaken, de Dark Star. De Dark Star is een kwaadaardige donkere ster met ongelooflijke krachten. Mario, Luigi en Bowser moeten nu dus samenwerken, ondanks dat Bowser pas achter deze samenwerking komt op het einde van de game. Op de climax van het verhaal vecht Bowser met Dark Bowser, een creatie van de Dark Star. Mario & Luigi vechten in Bowser’s lichaam met de Dark Star, die zich heeft vermengd met Fawful.
Kenmerkend voor deze game is het wisselen tussen de echte wereld en het lichaam van Bowser. Veranderingen van buiten kunnen invloed hebben op Bowser’s binnenste. Als de Koopa koning veel water drinkt, vult zijn lichaam zich en kunnen de Mario broers naar nieuwe hoogten zwemmen. Ook wordt er meer gebruik gemaakt van het Touch Screen. Alle speciale aanvallen van Bowser worden namelijk bestuurt met het onderste scherm. Ook worden een aantal minigames bestuurt door gebruik te maken van je aanraakkunsten.
Mario & Luigi: Bowser’s Inside Story stond bekend als de eerste game waarin Bowser samenwerkt met Mario en Luigi om een gemeenschappelijke vijand te vernietigen, het reizen tussen Bowser’s lichaam en de buitenwereld en de terugkeer van Fawful. Nu is het nog maar minder dan twee weken wachten op de release van Mario & Luigi: Dream Team Bros.
