Nadat Nintendo’s president Iwata al liet doorschemeren dat er iets zou veranderen in The Legend of Zelda: The Windwaker HD, is tijdens de developer Direct bevestigd dat het om de Triforce Quest gaat aan het einde van het spel. Spelers klaagden er al een tijdje over dat het tempo erg traag was en dat de actie daardoor uit de game was. Nintendo is het daar mee eens en voert het zoektempo dan ook op. Het is nog niet bekend hoe dit precies gebeurt, Producer Eiji Aonuma zei alleen dat het minder tergend wordt en je op een betere manier naar het 
einde van The Windwaker toe speelt.
Een andere feature is dat je door op de A-knop blijft klikken de speler sneller kan zeilen. Daarnaast liet Nintendo weten dat de Tingle Tuner in de game terug keert, zij het in een andere vorm. Door flessenpost in de oceaan te gooien kun je berichten zenden aan andere spelers via Miiverse die de flessenpost uit zee kunnen pikken.
